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到目前為止，我們只考慮了包含單個專案的例子，其中有一個使用者編寫的 Boost.Jam 檔案，即 Jamroot。一個典型的大程式碼庫會由許多組織成樹狀結構的專案組成。樹的頂部稱為專案根目錄。每個子專案都由專案根目錄下子目錄中名為 Jamfile 的檔案定義。子專案的父專案由其上層目錄中最接近的 Jamfile 或 Jamroot 檔案定義。例如，在以下目錄佈局中
top/
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+-- Jamroot
|
+-- app/
| |
| +-- Jamfile
| `-- app.cpp
|
`-- util/
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+-- foo/
. |
. +-- Jamfile
. `-- bar.cpp
專案根目錄是 top/。top/app/ 和 top/util/foo/ 中的專案是根專案的直接子專案。
當我們提到以正常字體設定的「Jamfile」時，我們指的是名為 Jamfile 或 Jamroot 的檔案。當我們需要更具體地說明時，檔名將設定為「Jamfile」或「Jamroot」。
專案會繼承其父專案的所有屬性（例如需求）。繼承的需求會與子專案指定的任何需求合併。例如，如果 top/Jamroot 的需求中包含
<include>/home/ghost/local
則其所有子專案的需求中也都會包含它。當然，任何專案都可以將 include 路徑添加到其父專案指定的 include 路徑中。[2] 更多詳細資訊可以在「專案」一節中找到。
在命令列上沒有明確指定任何目標的情況下呼叫 b2 將建置以目前目錄為根目錄的專案。建置專案不會自動導致其子專案被建置，除非父專案的 Jamfile 明確要求這樣做。在我們的例子中，top/Jamroot 可能包含
build-project app ;
這將導致每當建置 top/ 中的專案時，都會建置 top/app/ 中的專案。但是，只有當 top/ 或 top/app/ 中的目標需要 top/util/foo/ 中的目標時，才會建置這些目標。