Boost.Build 在啟動時會搜尋並讀取兩個設定檔：site-config.jam 和 user-config.jam。前者通常由系統管理員安裝和維護，後者則供使用者修改。您可以編輯 Boost.Build 安裝目錄頂層的檔案，或在您的家目錄中建立副本並編輯副本。下表說明了搜尋這兩個檔案的位置。

通常，user-config.jam 只是定義可用的編譯器和其他工具（更進階的用法請參閱 site-config.jam 中的目標）。工具的設定使用以下語法

using tool-name : ... ;

using 規則會被指定工具的名稱，並使該工具可供 Boost.Build 使用。例如，

using gcc ;

將使 GCC 編譯器可用。

所有支援的工具都記錄在 內建工具 中，包括它們使用的特定選項。以下是一些適用於大多數 C++ 編譯器的一般注意事項。

對於 Boost.Build 原生支援的所有 C++ 編譯器工具組，using 的參數列表都相同：toolset-name、version、invocation-command 和 options。

如果您只有一個編譯器，且編譯器執行檔

則可以簡單地設定為

using tool-name ;

如果編譯器安裝在自訂目錄中，您應該提供呼叫編譯器的指令，例如

using gcc : : g++-3.2 ;
using msvc : : "Z:/Programs/Microsoft Visual Studio/vc98/bin/cl" ;

某些 Boost.Build 工具組會使用該路徑來執行呼叫編譯器之前所需的額外動作，例如呼叫供應商提供的腳本來設定其所需的環境變數。當 C 和 C++ 的編譯器執行檔不同時，必須指定 C++ 編譯器執行檔的路徑。該指令可以是作業系統允許的任何指令。例如

using msvc : : echo Compiling && foo/bar/baz/cl ;

可以正常運作。

要設定多個版本的工具組，只需多次呼叫 using 規則

using gcc : 3.3 ;
using gcc : 3.4 : g++-3.4 ;
using gcc : 3.2 : g++-3.2 ;

請注意，在第一次呼叫 using 時，將會使用在 PATH 中找到的編譯器，而無需明確指定指令。

許多工具組都有一個 options 參數來微調設定。所有 Boost.Build 的標準編譯器工具組都接受四個選項 cflags、cxxflags、compileflags 和 linkflags 作為 options，用於指定將始終傳遞給對應工具的旗標。cflags 特性的值會直接傳遞給 C 編譯器，cxxflags 特性的值會直接傳遞給 C++ 編譯器，而 compileflags 特性的值會傳遞給兩者。例如，要設定 gcc 工具組，使其始終產生 64 位元程式碼，您可以撰寫

        using gcc : 3.4 : : <compileflags>-m64 <linkflags>-m64 ;